La sous-direction de la recherche, de l'innovation, du développement et de la coopération internationale est chargée de soutenir les missions de recherche, développement et coopération internationale des établissements et de promouvoir les synergies entre la formation, la recherche et le développement.
Elle est chargée de la définition, de la mise en oeuvre et du suivi des politiques de recherche et de développement. Elle veille, dans une perspective nationale, européenne et internationale, à la cohérence de la mise en oeuvre de ces politiques.
Dans les champs de compétence du ministère, elle participe à la définition des objectifs du programme-cadre de recherche et de développement. Elle assure la représentation française auprès de la Commission de l'Union européenne et le suivi de l'ensemble des programmes et des actions qui s'y rapportent.
Elle exerce la cotutelle de l'Institut national de la recherche agronomique (INRA) et de l'Institut de recherche pour l'ingénierie de l'agriculture et de l'environnement (CEMAGREF). Elle participe au conseil d'administration du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (CIRAD) et de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA).
Elle assure les contrôles prévus par les textes législatifs et réglementaires sur les organismes de développement agricole et de transferts de technologies.
Elle coordonne la politique de contractualisation conduite avec les organismes exerçant des missions de recherche et de développement.
Elle définit la participation de l'enseignement et de la formation professionnelle agricoles à l'animation et au développement des territoires.
Elle participe, dans les domaines de compétences de la direction, à la politique européenne, à la négociation, à la coordination et à l'expertise des programmes de l'Union européenne, ainsi que des fonds structurels européens. Elle participe également à la politique de coopération et de développement des échanges internationaux. Elle conduit et coordonne, dans les domaines de compétences de la direction, les actions favorisant ces politiques européennes et internationales.