La sous-direction « administration » traite des questions concernant l'administration générale, le contentieux, la gestion financière, la comptabilité, les marchés et l'administration du personnel.
Elle prépare les budgets du service et du compte de commerce et en suit l'exécution.
Elle élabore les tarifs applicables aux cessions des produits pétroliers.
Elle assure l'expertise en matière d'achat public et en définit la politique au sein du service.
Elle participe à l'administration et à la gestion du personnel militaire et du personnel civil du service.
Elle traite des effectifs militaires et civils, du recrutement, de la formation, de la reconversion et de la discipline.
Elle définit et coordonne l'emploi des moyens informatiques et de télécommunication.