Pour chaque site Natura 2000 est établi un document d'objectifs.
Le comité de pilotage Natura 2000 mentionné à l'article R. 414-10 est associé à l'élaboration du document d'objectifs.
Le document d'objectifs est arrêté par le préfet du département dans lequel est localisé le site Natura 2000 ou, si le site s'étend sur plusieurs départements, par un préfet coordonnateur désigné par le ministre chargé de l'environnement.
Lorsque des terrains relevant du ministère de la défense sont inclus dans le périmètre d'un site Natura 2000, le document d'objectifs est arrêté conjointement avec le commandant de la région terre. Lorsque le site Natura 2000 est entièrement inclus dans un terrain relevant du ministère de la défense, le document d'objectifs est arrêté par le commandant de la région terre.