Le bureau des affaires médicales (SG-MED), dirigé par le médecin-chef de la direction générale de l'aviation civile, définit la politique médicale à la DGAC dans le cadre des règlements en vigueur et assure la coordination et l'organisation générale des différents services médicaux dans les domaines suivants : médecine de prévention, médecine d'aptitude au contrôle de la navigation aérienne et médecine statutaire.
En matière de prévention, le bureau des affaires médicales met en place, en liaison avec les médecins de prévention, la politique médicale relative à l'action sur le milieu professionnel et à la surveillance médicale des agents de la DGAC.
Il élabore annuellement le plan d'équipement des services et, en liaison avec le bureau des écoles et de la formation continue, le plan de formation des médecins. Il gère les crédits destinés à l'achat de fournitures et de petits matériels médicaux de la DGAC.
Dans le cadre de la médecine statutaire, le bureau médical assure le secrétariat des différents organismes médicaux à caractère consultatif siégeant en administration centrale : comité médical des transports, commission de réforme centrale des fonctionnaires, commission centrale de réforme des ouvriers du cadre, commission centrale des rentes pour accidents du travail des ouvriers et contractuels.
Il est associé aux travaux du comité central d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail.
Il veille à la mise en oeuvre et au bon fonctionnement de la médecine d'aptitude au contrôle de la navigation aérienne. Il assure le secrétariat du comité médical du contrôle de la navigation aérienne.