Le directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments procède à l'instruction des dossiers de demande d'ouverture des établissements. Il vérifie que le dossier comporte l'ensemble des pièces prévues aux articles 2 ou 3 pour prononcer sa recevabilité.
Il notifie alors au signataire de la demande la date d'enregistrement du dossier à partir de laquelle court le délai de quatre-vingt-dix jours dans lequel il doit statuer sur la demande.
Il fait procéder à une instruction selon les modalités mentionnées à l'article R. 5146-1. A cet effet, il adresse à l'inspecteur concerné un exemplaire du dossier complet. Dans les cas prévus aux articles R. 5142-6 et R. 5142-7, il adresse pour avis un dossier au directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé ou au préfet du département d'implantation de l'établissement. Il adresse également au conseil de l'ordre compétent un exemplaire du dossier (au conseil central pour les pharmaciens ou au Conseil supérieur de l'ordre pour les vétérinaires pour transmission au conseil régional compétent).
Le conseil central de l'ordre des pharmaciens ou le Conseil supérieur de l'ordre des vétérinaires adressent à l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments leur avis sur la situation du postulant dans un délai maximum de deux mois. Cet avis a trait notamment à l'expérience professionnelle, aux conditions d'exercice de l'intéressé au regard des règles de cumul d'activité et à la convention établie avec l'entreprise en application de l'article R. 5142-54.
Au vu du rapport d'enquête rédigé par l'inspecteur, de l'avis du conseil de l'ordre compétent et, le cas échéant, des avis du directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé ou du préfet du département où est implanté l'établissement ainsi que des autres éléments du dossier, le directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments prend une décision accordant ou refusant l'autorisation d'ouverture.
Le directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments notifie sa décision au demandeur, à l'inspecteur ayant procédé à l'enquête, à l'ordre compétent et, le cas échéant, au préfet du département où est implanté l'établissement et au directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé.