Pour les stations de traitement des effluents, le niveau de traitement minimal est fixé par l'arrêté préfectoral d'autorisation et, en cas de rejet dans les eaux superficielles d'effluents traités, le flux journalier maximal de pollution admissible est compatible avec les objectifs de qualité fixés pour le milieu récepteur.
Pour pallier toute panne de l'installation de traitement des effluents, l'installation dispose de bassins de sécurité étanches qui permettent de stocker la totalité des effluents le temps nécessaire à la remise en fonctionnement correcte de l'installation.
Les boues et autres produits issus du traitement des effluents peuvent être épandus sur des terres agricoles en respectant les prescriptions des articles 16 et 18.