Il peut être dérogé aux spécifications techniques d'interopérabilité, y compris celles relatives au matériel roulant, en cas de renouvellement, de réaménagement ou d'extension d'une ligne existante, lorsque leur application risque de compromettre la viabilité économique d'un projet.
Cette dérogation peut également être accordée lorsque le gabarit, l'écartement ou l'entraxe des voies, ou la tension électrique prévus par les spécifications techniques d'interopérabilité sont incompatibles avec les caractéristiques techniques de la ligne existante.
La demande de dérogation est adressée au ministre chargé des transports. Elle présente les spécifications retenues ainsi que les spécifications techniques d'interopérabilité auxquelles Réseau ferré de France ou le demandeur, s'il s'agit de la construction d'un matériel roulant, souhaite déroger. Le dossier de définition prévu à l'article 6 du décret du 30 mars 2000 susvisé prend en compte les spécifications retenues ainsi que les spécifications techniques auxquelles il est dérogé.
S'il est favorable à l'octroi de la dérogation, le ministre chargé des transports transmet la demande dans un délai de trois mois à la Commission européenne. Une demande non transmise dans ce délai est réputée refusée.