Ces commissions ont compétence dans les domaines d'activité suivants :
Commission interdisciplinaire A : santé et société ;
Commission interdisciplinaire B : modélisation des systèmes biologiques, bioinformatique ;
Commission interdisciplinaire C : cognition, langage, traitement de l'information : systèmes naturels et artificiels ;
Commission interdisciplinaire D : risques environnementaux et société ;
Commission interdisciplinaire E : impacts sociaux du développement des nanotechnologies ;
Commission interdisciplinaire F : astroparticules.