Le service de défense et de sécurité comprend :
- le département des études, de la ressource et de la veille opérationnelle ;
- le département de la planification de défense et de sécurité ;
- la mission défense mer ;
- le pôle de l'administration générale,
qui participent aux exercices et à la gestion des crises.
Le haut fonctionnaire de défense, commissaire général aux transports et commissaire aux entreprises de travaux publics et de bâtiment, est assisté d'un commissaire général adjoint aux transports et d'un commissaire adjoint aux entreprises de travaux publics et de bâtiment.
Un ou plusieurs fonctionnaires de sécurité de défense (FSD) lui sont rattachés et un fonctionnaire de sécurité des systèmes d'information (FSSI) est placé sous son autorité.