L'agent comptable de l'office est nommé par arrêté des ministres chargés de l'agriculture et du budget après avis du conseil de direction.
En sa qualité de comptable public, il est seul chargé, sous sa responsabilité personnelle et pécuniaire, de la perception des recettes, du paiement des dépenses, du maniement des fonds et des valeurs, de la conservation des pièces justificatives et de la tenue de la comptabilité de l'office.