En matière de gestion financière et comptable, l'IFP est soumis aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales. Il est tenu d'établir ses comptes selon le plan comptable général, et pour les comptes consolidés, dans les conditions prévues aux articles L. 233-16 à L. 233-28 du code de commerce.
Chaque année, l'IFP établit pour l'année suivante un état prévisionnel des recettes et des dépenses qui comprend :
1° Un compte de résultat et un bilan détaillés prévisionnels ;
2° Un plan de financement détaillé, faisant apparaître les dotations publiques et les autres ressources par nature destinées au financement de l'établissement.
Le contrôle des comptes individuels et consolidés de l'IFP est assuré par deux commissaires aux comptes et deux commissaires aux comptes suppléants, désignés par arrêté du ministre chargé de l'économie sur proposition du conseil d'administration.