Le Conseil général du génie rural, des eaux et des forêts est compétent pour toute mission d'inspection des services déconcentrés et des établissements publics relevant du ministre de l'agriculture ainsi que pour toute mission de contrôle de l'action des services de son administration centrale, notamment sous la forme d'audit. Il est saisi à cet effet par lettre du ministre ou de ses délégataires.
Il peut être sollicité par le ministre chargé de l'environnement pour participer à toute mission d'inspection auprès des services déconcentrés et des établissements publics relevant de son département ministériel.
Il peut participer à des missions d'inspection à la demande d'autres ministres, dans des domaines relevant des compétences du corps des ingénieurs du génie rural, des eaux et des forêts.
Les ingénieurs généraux chargés d'une mission d'inspection, de contrôle ou d'une mission d'évaluation agissent en qualité de représentants directs du ou des ministres intéressés.
Ils disposent des pouvoirs d'investigation sur pièces et sur place nécessaires à l'exercice de leurs missions auprès des services et des établissements précités, dans le cadre des dispositions qui les régissent. Ils reçoivent à cet effet l'appui et le concours de tous les agents des ministères concernés.
Le Conseil général du génie rural, des eaux et des forêts est maître de l'organisation des missions qui lui sont confiées et de ses méthodes d'investigation.
Chacun de ses membres formule ses conclusions en toute indépendance.
A l'issue des missions, les rapports sont remis aux ministres commanditaires par le vice-président du conseil général.
Dans l'exercice de leur mission, les membres du Conseil général du génie rural, des eaux et des forêts sont tenus de faire rapport, sans délais, au ministre des faits qu'ils ont signalés au procureur de la République en application de l'article 40 du code de procédure pénale.