Après avis de l'Agence nationale d'accréditation et d'évaluation en santé, les conseils agréent pour cinq ans les organismes aptes à effectuer les procédures d'évaluation mentionnées à l'article L. 4133-1 qui en font la demande. L'agrément est délivré sur la base d'un cahier des charges, élaboré par chacun des conseils et précisant les conditions à remplir. Le cahier des charges prend en compte les critères suivants :
1° Qualité des procédures d'évaluation ;
2° Transparence des financements ;
3° Engagement relatif à l'absence de promotion en faveur d'un produit de santé ;
4° Acceptation du principe d'une évaluation externe du fonctionnement de l'organisme et de la qualité des procédures d'évaluation.