Les frais de fonctionnement du conseil sont pris en charge par l'Etat.
Dans la limite des crédits ouverts à cet effet, les rapporteurs peuvent recevoir, pour chaque affaire comportant un rapport écrit, une indemnité correspondant à un nombre de vacations variable suivant l'importance du dossier.
Aucune indemnité ne peut être allouée aux rapporteurs qui ont la qualité de fonctionnaire en activité.
Le taux unitaire de la vacation, le montant maximal par rapport et le plafond annuel pour chaque rapporteur sont fixés par arrêté des ministres chargés du budget et de la santé.