Les NIR transmis par la CCMSA sont exclusivement conservés au CNTDF dans des fichiers informatisés dédiés, dénommés « table CNTDF de correspondance NIR/n° SPI », qui permettent d'établir un lien fixe entre le NIR, complété des quatre premiers caractères du nom patronymique, et l'identifiant fiscal national individuel - le n° SPI - qui est utilisé par les administration fiscales dans leurs traitements internes et dans leurs relations avec les contribuables. Ce fichier, ainsi que les « fichiers d'appels » visés ci-dessus, sont enregistrés sur des supports informatiques spécifiques et font l'objet de mesures de sécurité renforcées.
Après vérification de la concordance suffisante des éléments d'identification des personnes physiques qui font l'objet d'une demande avec ceux de la table CNTDF de correspondance, puis éventuellement avec les éléments d'état civil et d'adresse conservés dans les applications « Simplification des procédures d'imposition » - SPI - ou « Simplification de la gestion des informations de recoupement » - SIR - de la direction générale des impôts, les demandes sont enrichies du numéro SPI des contribuables concernés.
L'application « Fichier d'imposition des personnes » - FIP - permet la constitution d'une « table de correspondance n° SPI/n° FIP », pour l'attribution aux demandes susvisées du numéro FIP des foyers fiscaux, nécessaire à l'interrogation de l'application « Traitement informatisé de l'impôt sur le revenu » - IR - qui fournit les informations disponibles pertinentes relatives à la taxation à l'impôt sur le revenu.
Pour chaque fichier d'appels reçu, plusieurs fichiers de restitutions produits au CNTDF sont successivement adressés aux organismes de mutualité sociale agricole ; ils se rapportent soit aux situations fiscales initialement déclarées, soit aux premières situations fiscales correctives. Les informations contenues dans les fichiers d'appels ou de restitutions sont conservées au CNTDF le temps nécessaire aux traitements.
Les informations sont transmises entre les partenaires de la procédure selon des modalités propres à en assurer la confidentialité. A cette fin, le chiffrement des fichiers d'appels et de restitutions est assuré au plus tard le 31 décembre 2005.