Le président de la commission adresse au secrétaire général du comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne, aux ministres et préfets de région concernés et s'il y a lieu au préfet de Corse les déclarations de validité ainsi que les rapports de contrôles d'audit, les synthèses de ces rapports, les recommandations et le rapport annuel.
Le président de la commission transmet au secrétaire général du comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne, pour envoi à la Commission européenne, le rapport annuel d'activité sur les contrôles ainsi que tout document destiné à cette autorité. Ce rapport est également transmis par le secrétaire général du comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne au premier président de la Cour des comptes qui le communique au président de la Cour des comptes européennes.