Un secrétaire général désigné par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur, de la jeunesse et des sports assure le secrétariat de l'Observatoire national des métiers de l'animation et du sport qui est placé auprès de la délégation à l'emploi et aux formations du ministère de la jeunesse et des sports.
Il s'appuie sur quatre chargés de mission, membres de l'Institut national des sports et de l'éducation physique, de l'Institut national de la jeunesse et de l'éducation populaire, du ministère chargé de l'éducation nationale et du ministère chargé de l'enseignement supérieur.