Après examen du dossier, la décision d'agrément ou de refus d'agrément est prise par le préfet de région. Elle est notifiée par le préfet de région à l'organisme demandeur, et accompagnée de l'avis portant sur le dossier relatif aux aspects pédagogiques. Une copie de la notification et de l'avis est transmise au ministre chargé des affaires sociales.
Les arrêtés d'agrément sont publiés au recueil des actes administratifs de la préfecture de région.
Toute modification des éléments du dossier fourni doit être portée à la connaissance du préfet de région (direction régionale des affaires sanitaires et sociales). En outre, toute modification substantielle du projet pédagogique ou toute modification portant sur le règlement de sélection, le règlement des épreuves de certification organisées par l'établissement, le changement d'organisme responsable ou la localisation de l'établissement doit faire l'objet d'une confirmation formelle ou d'une modification de l'arrêté d'agrément par le préfet de région.
L'établissement de formation adresse chaque année son rapport d'activité au préfet de région (direction régionale des affaires sanitaires et sociales).
La durée de l'agrément est de six ans. Toutefois, l'agrément peut être retiré lorsque les conditions qui ont présidé à la décision d'agrément ne sont plus remplies.