Les organismes chargés en application des articles L. 643-5 et L. 645-1 de la certification des produits mentionnés à l'article R.* 643-1 sont agréés par arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de la consommation après avis de la Commission nationale des labels et des certifications de produits agricoles et alimentaires. Ils sont agréés pour délivrer soit des labels agricoles, soit des certificats de conformité, soit des certificats du mode de production biologique, soit plusieurs de ces certifications.
Ils ne peuvent être agréés qu'après avoir été accrédités, sur la base de la norme EN 45011 en vigueur à la date de l'accréditation, mentionnée respectivement aux articles 9-11, 10-3 et 14-3 des règlements du Conseil des Communautés européennes n°s 2092/91, 2081/92 et 2082/92 susvisés, par le Comité français d'accréditation ou par un autre organisme reconnu comme répondant à des exigences équivalentes. L'accréditation a pour objet de vérifier l'indépendance, l'impartialité et la compétence de l'organisme certificateur.
Lorsqu'ils mènent des opérations de contrôle de produits en dehors des activités de certification pour lesquelles ils ont été agréés, ils doivent justifier qu'ils ont mis en place en leur sein une organisation distincte pour conduire de telles opérations et que celles-ci n'interfèrent en aucun cas avec leurs activités de certification.
Pour être agréés en vue de délivrer des labels agricoles, les organismes certificateurs doivent prévoir dans leurs statuts la possibilité d'associer à leur fonctionnement, dans des conditions non susceptibles de porter atteinte aux principes d'impartialité et d'indépendance imposés par l'article L. 643-5, les groupements mentionnés à l'article L. 643-2 qui bénéficient de l'homologation de tels labels. Tout groupement bénéficiaire de l'homologation d'un label doit être distinct de l'organisme certificateur.
Il est fait mention de l'arrêté d'agrément au Journal officiel de la République française.