L'administrateur général de l'institut est élu pour un mandat de quatre ans par l'ensemble des membres des trois conseils de l'institut réunis en une assemblée, parmi les enseignants-chercheurs en exercice. Son mandat est renouvelable une fois.
L'assemblée délibère à la majorité absolue des membres en exercice.
Le règlement intérieur fixe les modalités d'organisation des élections.
En cas de démission ou d'empêchement définitif de l'administrateur général, son successeur est élu dans un délai d'un mois à compter de la constatation de la vacance par le recteur d'académie, chancelier des universités, selon les mêmes modalités, pour la durée du mandat restant à courir.
Si l'élection n'est pas acquise dans ce délai, le ministre chargé de l'enseignement supérieur nomme un administrateur provisoire dans les conditions prévues à l'article L. 719-8 du code de l'éducation.