Le conseil de l'agence délibère sur :
1° Une charte de l'évaluation définissant les mesures propres à garantir la qualité, la transparence et la publicité des procédures d'évaluation et de notation ;
2° La politique de coopération européenne et internationale ;
3° La désignation des directeurs de section sur proposition du président de l'agence ;
4° Un programme pluriannuel d'évaluation compatible avec les échéances des procédures de contractualisation des établissements avec l'Etat ;
5° La validation des avis des sections et des rapports de synthèse préparés par les sections au vu des rapports des comités d'évaluation ; le conseil peut confier la validation de ces avis et rapports à des formations spécialisées constituées en son sein pour chaque section et composées d'au moins cinq membres ;
6° Le rapport annuel prévu à l'article L. 114-3-7 du code de la recherche ;
7° Les conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération du personnel contractuel de l'agence ;
8° Le règlement intérieur de l'agence.
Le conseil arrête, sur proposition du président, l'organisation et le règlement des services et sections de l'agence.