Conformément aux dispositions des règlements (CE) n° 2419/2001 et n° 455/2002 susvisés, un contrôle administratif et un contrôle sur place sont opérés.
Le contrôle administratif est effectué au moment du dépôt du dossier et chaque année à réception des pièces justificatives. Il est effectué par les services déconcentrés de l'Etat dans les conditions prévues aux articles 59 à 62 du règlement (CE) n° 445/2002 susvisé.
Les contrôles sur place sont effectués selon les modalités prévues au même article par les organismes payeurs selon leurs attributions respectives.
L'exploitant doit permettre la réalisation des contrôles. S'il s'y oppose, les aides dont il bénéficie sont suspendues.