La sélection des opérateurs est effectuée selon les critères de qualité des services rendus et de tarification des prestations, auxquels est affectée la pondération ci-après :
- l'organisation de l'encadrement des agents de terrain et la qualité de la répartition des charges de structure (25 %) ;
- la capacité de l'organisme à concourir au développement et à l'organisation de l'élevage dans sa zone d'intervention délimitée (25 %), au bénéfice des éleveurs et des différentes races de ruminants ;
- la pratique d'une tarification non discriminatoire ou non pénalisante au sens de l'article R. 653-67 du code rural (25 %), permettant une couverture territoriale complète et une prise en compte de toutes les dimensions d'exploitation ;
- les moyens financiers de l'organisme candidat et l'expérience de l'organisme candidat dans les domaines de l'enregistrement et du contrôle des performances (25 %).