Les ministères concernés par l'élaboration des inventaires, dont la liste est donnée en annexe III, participent au Groupe de concertation et d'information sur les inventaires d'émissions (GCIIE), piloté par la direction de la prévention des pollutions et des risques (DPPR). Ils sont consultés dans ce cadre sur les méthodologies d'inventaires et sur leur évolution, avant leur introduction dans le système national.
Ils sont également consultés sur les projets de rapports d'inventaire. Après avis des ministères consultés, le ministère chargé de l'environnement approuve les inventaires, en particulier ceux communiqués aux instances communautaires et internationales, selon les délais et formats exigés, conformément aux obligations de la France en ce domaine.