La commission se prononce sur un dossier de demande de prime à l'aménagement du territoire, lorsque tous les avis nécessaires à l'instruction de la demande sont réunis. Dans le cas contraire, ou à la demande expresse de la société, un ajournement est prononcé.
Pour les programmes de recherche-développement, l'avis de la commission porte sur l'éligibilité des activités ainsi que sur le montant de l'aide.
Pour les programmes d'investissement, l'avis de la commission porte sur le montant de l'aide.
L'avis de la commission peut être assorti de conditions auxquelles il est proposé de subordonner l'attribution de l'aide. Les observations et propositions formulées par la commission sont portées au procès-verbal de la commission et les observations de ses membres versées au dossier de demande de subvention déposé par l'entreprise.