Le gestionnaire administratif individualise dans ses écritures les opérations afférentes à chaque section du fonds et à chaque région. Les opérations de recettes et de dépenses du fonds, ainsi enregistrées, sont soumises au contrôle économique et financier de l'Etat.
Le gestionnaire administratif rend compte au comité national, à chaque séance, de l'état d'avancement de la consommation des crédits d'intervention du fonds par section et par région.