Le commandement de la gendarmerie de l'air est exercé par un officier supérieur ou général de gendarmerie qui relève du directeur général de la gendarmerie nationale et, pour ce qui concerne son emploi, du chef d'état-major de l'armée de l'air.
Dans l'exercice de ses fonctions, le personnel de la gendarmerie de l'air est placé sous l'autorité des chefs hiérarchiques de la gendarmerie de l'air.