Un conseil commun des laboratoires, instance consultative, est placé auprès des deux directeurs généraux qui le coprésident. Ils peuvent se faire représenter.
Ce conseil comprend :
- le chef du service commun des laboratoires ;
- l'adjoint au chef du service commun des laboratoires ;
- le responsable de chacun des établissements composant le service ;
- des représentants de l'administration centrale et des services déconcentrés appartenant de façon paritaire aux deux directions générales ;
- des personnalités qualifiées désignées conjointement par les deux directeurs généraux.
Il se réunit au moins deux fois par an à la demande conjointe des deux directeurs généraux sur la base d'un ordre du jour qu'ils déterminent et qui porte en particulier sur les orientations scientifiques du service commun des laboratoires.