Lorsque le site inclut tout ou partie d'un terrain militaire, le projet de désignation mentionné à l'article R. 414-3 est établi conjointement par le ou les préfets et par le commandant de la région terre.
Le ministre chargé de l'environnement et le ministre de la défense décident conjointement de proposer le site à la Commission européenne dans les conditions prévues à l'article R. 414-4 et de désigner le site comme site Natura 2000.