La direction des affaires financières comprend :
- le service des synthèses et du pilotage budgétaire ;
- la sous-direction de la prospective et de l'analyse des coûts ;
- la sous-direction des questions économiques, fiscales et internationales ;
- la sous-direction de la fonction financière et comptable ;
- la mission chargée des nouveaux modes de financements ;
- la mission chargée du nouveau système d'information financière de l'Etat.
Dans ses domaines de compétences, la direction des affaires financières est, au ministère de la défense, l'interlocuteur exclusif auprès des autres ministères, notamment le ministère chargé de l'économie et des finances et le ministère chargé du budget.