Le Conseil supérieur de la pêche est soumis au contrôle financier prévu par les dispositions du décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements publics autonomes de l'Etat. Les modalités particulières du contrôle financier du Conseil sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la pêche en eau douce.