Le régime financier et comptable défini par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif, le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général de la comptabilité publique et par l'article 60 de la loi de finances pour 1963 n° 63-156 du 23 février 1963 est applicable à l'institut.
(Art. 16 du décret n° 97-817 du 5 septembre 1997 érigeant l'Institut des hautes études de défense nationale en établissement public.)