Chaque commission interrégionale est compétente pour les questions relatives aux recherches archéologiques qui relèvent de son ressort territorial.
Elle procède à l'évaluation scientifique des opérations archéologiques et de leurs résultats. Elle examine pour chaque région le bilan de l'année écoulée et le programme de l'année à venir et formule toute proposition et tout avis sur l'ensemble de l'activité archéologique, y compris pour le développement des études et des publications.
Elle participe à l'élaboration de la programmation scientifique et établit, à l'issue de son mandat, un rapport sur l'activité de la recherche archéologique dans son ressort.
A ce titre, la commission interrégionale, saisie par le préfet de région, ou en Corse, par le préfet de Corse :
1° Emet un avis sur les demandes d'autorisation de fouilles dans les conditions de l'article L. 531-1 du code du patrimoine et de l'article 2 du décret du 27 mai 1994 susvisé ainsi que sur les opérations de fouilles préventives soumises à autorisation en application du deuxième alinéa de l'article L. 523-9 du code du patrimoine ;
2° Emet un avis conforme avant le retrait d'une autorisation de fouilles dans les conditions de l'article L. 531-6 du code du patrimoine et de l'article 55 du décret du 3 juin 2004 susvisé ;
3° Emet un avis sur les projets de définition de zones de présomption de prescription archéologique préventive dans les conditions de l'article 5 du décret du 3 juin 2004 susvisé ;
4° Formule une proposition sur le montant de l'indemnité spéciale due en cas de retrait de l'autorisation de fouilles au profit de l'Etat en application de l'article L. 531-8 du code du patrimoine ;
5° Emet un avis avant toute décision prolongeant la durée de l'intervention archéologique préventive en cas de découverte d'importance exceptionnelle dans les conditions de l'article 43 du décret du 3 juin 2004 susvisé ;
6° Evalue les rapports de fouilles préventives conformément à l'article 57 du décret du 3 juin 2004 susvisé ;
7° Emet un avis préalablement aux décisions relatives aux vestiges immobiliers visées par les articles 63 et 64 du décret du 3 juin 2004 susvisé.
A la demande du ministre chargé de la culture, elle émet un avis sur les opérations archéologiques sous-marines dans les cas définis aux articles 7, 8, 11, 13, 15 et 16 du décret du 5 décembre 1991 susvisé.