La sous-direction des affaires générales assure la gestion de l'ensemble des moyens de la direction générale de la mer et des transports et dispose d'une antenne de proximité auprès de la direction des affaires maritimes :
- elle élabore, en liaison avec la sous-direction du contrôle de gestion, du pilotage de la performance et du budget, les politiques relatives à la gestion des ressources humaines, à la formation et aux moyens généraux de la direction générale et en assure la mise en oeuvre ;
- elle élabore et met en oeuvre le schéma directeur informatique de la direction générale, assure l'assistance à maîtrise d'ouvrage des systèmes d'information des transports terrestres et maritimes ainsi que la diffusion, la maintenance et l'assistance à l'utilisation des matériels et logiciels par les agents de la direction générale ;
- elle est responsable de la conception et de la mise en oeuvre des politiques de communication interne et externe (hors relations presse), de documentation et de gestion des connaissances de la direction générale.