La sous-direction des transports maritimes et fluviaux :
- élabore et met en oeuvre la politique, la réglementation et la régulation économique des transports maritimes et fluviaux et des services portuaires ;
- exerce les attributions du ministre en matière de réglementation de services de transports maritimes et fluviaux et de services portuaires ;
- prépare et conduit, en liaison avec la mission Europe et international, les actions européennes et internationales dans le domaine ;
- contribue dans le domaine du transport maritime, des ports et du transport fluvial aux analyses et études économiques ;
- élabore les statistiques dans les domaines des ports et du transport maritime en liaison avec le secrétariat général du ministère ;
- participe aux réflexions sur l'usage et le développement des infrastructures portuaires et fluviales et sur les effets du transport maritime et fluvial sur l'environnement ;
- définit et coordonne, en liaison avec les ministères de l'intérieur, de la défense, des finances, de l'industrie et de la justice, la politique du contrôle des transports fluviaux, suit l'application des sanctions et veille à leur harmonisation ;
- définit les orientations relatives à la sécurité et à la police de la navigation des transports fluviaux et, en liaison avec la mission sûreté défense, à la sûreté des transports fluviaux, propose à cet effet les dispositions législatives, élabore et met en oeuvre les réglementations ;
- exerce la tutelle de la Société nationale Corse Méditerranée.