Le département administratif (A) est chargé de l'administration générale du service, de la gestion des personnels et de la comptabilité.
Il comprend :
- la division « ressources humaines » (A/RH), chargée de la gestion des ressources humaines du service, de la formation continue des personnels, des instances de concertation, des accidents de la circulation, des rentes et accidents du travail, des déplacements, de l'accueil, des distinctions honorifiques ;
- la division « finances » (A/F), chargée du suivi et de l'exécution du budget du SEFA, la gestion des engagements comptables et crédits de paiement, du mandatement des dépenses, du suivi comptable de l'ensemble des recettes du service, de la comptabilité matière et des immobilisations, de la régie de dépenses et recettes pour le site de Muret (échelon central et centre de formation), des audits et contrôles de fonctionnement des services comptables des centres (dépenses mandatées, recettes et dépenses) et de l'exécution des marchés publics du SEFA.