Il peut être dérogé aux spécifications techniques d'interopérabilité, y compris celles relatives au matériel roulant, lorsqu'un projet de ligne nouvelle, de réaménagement de ligne existante du réseau ferré national, ou tout élément visé à l'article 1er, se trouve à un stade avancé de développement ou fait l'objet d'un contrat en cours d'exécution, lors de la publication des spécifications techniques d'interopérabilité au Journal officiel de l'Union européenne.
Il en est de même lorsque, à la suite d'un accident ou d'une catastrophe naturelle, les conditions de rétablissement rapide du réseau ne permettent pas économiquement ou techniquement l'application partielle ou totale des spécifications techniques d'interopérabilité correspondantes.
La demande de dérogation est adressée au ministre chargé des transports. Elle comprend la description de l'état d'avancement du projet et les spécifications retenues ainsi que les spécifications techniques d'interopérabilité auxquelles Réseau ferré de France, ou le demandeur, s'il s'agit d'un projet de construction de matériel roulant, souhaite déroger. Ce dernier joint à son dossier l'avis de Réseau ferré de France.
Lorsqu'il est envisagé de faire droit à la demande de dérogation, la Commission européenne en est préalablement informée et le dossier lui est communiqué.
Les demandes pour lesquelles il n'a pas été statué dans un délai de six mois sont réputées rejetées.