Le pôle de protection et de sécurité de défense comporte trois unités :
- une unité de protection et de sécurité de défense ;
- une unité de sécurité des systèmes d'information ;
- une unité d'administration.
Le haut fonctionnaire de défense et de sécurité adjoint, chargé de ce pôle, est lui-même secondé par un adjoint et assisté par un chargé de mission issu du ministère chargé du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle. L'adjoint assure la suppléance du haut foncitionnaire de défense et de sécurité adjoint, chargé du pôle de protection et de sécurité de défense, et remplit les missions qui lui sont confiées par le responsable de ce pôle.
Le chargé de mission assure, pour les domaines relevant du haut fonctionnaire de défense et de sécurité, l'interface avec le ministère chargé du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle et remplit les missions qui lui sont confiées par son ministère de rattachement et le responsable de ce pôle.