A l'échelon local, le centre de médecine de prévention est dirigé par un médecin de prévention. Ce dernier est chargé de la mise en oeuvre technique de la médecine de prévention au bénéfice du personnel civil d'un ou plusieurs organismes. Dans ce cadre, il doit consacrer au moins le tiers de son temps à l'accomplissement des actions qu'il mène en milieu de travail.
Le médecin de prévention rédige annuellement un rapport d'activité qui est transmis à la direction régionale du service de santé des armées et à chaque chef d'organisme pour ce qui le concerne.