La direction du personnel militaire de la marine est dirigée par un directeur, officier général du corps des officiers de marine.
Il est assisté d'un directeur adjoint, qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement, et de deux sous-directeurs chargés respectivement de la gestion du personnel et de la gestion des compétences.
Les moyens de pilotage et de suivi des questions budgétaires ainsi que les moyens informatiques d'aide à la gestion des ressources humaines de la marine sont rattachés au directeur adjoint.
Le délégué aux réserves de la marine, placé auprès du major général de la marine, exerce les fonctions de conseiller du directeur pour les réserves.