La commission statue dans un délai de deux mois à compter de sa saisine par le médecin prescripteur, et en cas d'urgence dans les délais les plus brefs.
Elle ne peut délibérer valablement qu'en présence de quatre de ses membres au moins, dont le président.
Ses décisions sont acquises à la majorité de ses membres présents ; en cas de partage des voix, celle du président est prépondérante. Le médecin prescripteur, lorsqu'il est membre de la commission, ne peut délibérer sur le cas de son patient et se fait remplacer par son suppléant.
En cas d'urgence ou si la commission ne peut être réunie, l'évacuation du patient est décidée par un médecin hospitalier membre de la commission ou son remplaçant dans la même spécialité, organisée et prise en charge par l'établissement public de santé de Mayotte. La commission est informée des conditions dans lesquelles l'évacuation sanitaire s'est déroulée et de ses suites. Elle formule, le cas échéant, par écrit ses observations, qui sont transmises au médecin prescripteur.