La sélection des apprentis s'opère sur la base d'un dossier constitué par le candidat et d'un entretien avec un pharmacien praticien hospitalier participant à la formation de préparateur en pharmacie hospitalière, un préparateur en pharmacie hospitalière et le directeur du centre de formation des apprentis ou son représentant, qui permet à ces derniers d'apprécier la candidature de chacun des postulants. La composition de ce dossier figure en annexe I.