Des conseils spécialisés sont créés au sein de l'office, d'une part, pour les plantes à parfum et, d'autre part, pour les plantes aromatiques et médicinales. En outre, d'autres conseils spécialisés peuvent être créés en tant que de besoin par arrêté du ministre chargé de l'agriculture après avis du conseil de direction.
Les conseils spécialisés sont plus particulièrement chargés d'étudier les mesures de régularisation des marchés de leur section d'activité.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture, du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget pris après avis du conseil de direction fixe pour chaque conseil spécialisé sa composition et ses modalités de fonctionnement.
Le conseil de direction détermine les missions qui lui sont confiées. Cependant, le ministre chargé de l'agriculture peut, en tant que de besoin, saisir directement les conseils spécialisés d'affaires particulières.
Les conseils spécialisés peuvent comporter des personnalités qui ne font pas partie du conseil de direction ainsi que des représentants d'organisations professionnelles représentatives ou d'intérêts économiques non représentés au conseil de direction.
Les présidents des conseils spécialisés sont nommés par le ministre chargé de l'agriculture après consultation du conseil spécialisé. S'ils ne sont pas membres du conseil de direction, ils y siègent de droit avec voix consultative.
Chaque conseil spécialisé étudie les projets de décisions qui lui sont soumis par le directeur et exprime son avis.