Les commissions se réunissent en séance plénière sur convocation de leur président en tant que de besoin.
L'expert, le comité d'experts ou l'organisme d'expertise, saisi d'un dossier, communique un rapport d'analyse à la commission pour examen préalable avant la tenue d'une séance plénière.
Lors de la séance plénière, sont réalisées :
- une audition des représentants de l'exploitant chargés des dossiers examinés par les commissions ;
- une présentation du rapport d'expertise des dossiers.
Les avis formulés par les commissions sont transmis par le président au délégué.
Pour certains dossiers présentant un caractère de confidentialité particulière, les commissions peuvent se réunir sous une forme restreinte proposée par le président au délégué. Leurs modalités de fonctionnement sont les mêmes que celles des séances plénières.
Pour certains dossiers présentant un caractère d'urgence ou mineur, le président peut formuler des avis au délégué, après consultation des experts, ou comité d'experts ou organismes d'expertise concernés, sans réunion formelle de la commission. Les membres sont tenus informés en tant que de besoin.
Des directives du délégué précisent le fonctionnement de chaque commission. Elles déterminent, en particulier, les modalités de saisine, d'instruction des dossiers et de coordination des travaux des différentes commissions.