L'agrément est retiré par décision du ministre chargé des voies navigables dans les cas suivants :
1. Sur demande de l'expert ;
2. En cas d'activités incompatibles avec l'activité d'expert agréé lorsqu'il manque aux engagements souscrits ou en cas de manquement aux obligations liées à l'exercice de son activité ;
3. En cas de non-transmission par l'expert de l'attestation d'assurance en responsabilité civile professionnelle.
Avant de retirer l'agrément, le ministre chargé des voies navigables peut demander l'avis de la commission prévue à l'article 4 du présent arrêté.
Les griefs formulés à l'encontre de l'expert lui sont notifiés par lettre recommandée avec avis de réception.
L'expert dispose d'un délai d'un mois pour présenter ses observations écrites.
La décision est notifiée à l'expert avec indication des voies et des délais de recours ouverts par les lois et règlements.
Les décisions de retrait d'agrément sont publiées au Bulletin officiel du ministère chargé des voies navigables.