Pour le diagnostic d'encéphalite virale des équidés, sont autorisées les méthodes suivantes :
1. Diagnostic virologique par isolement après culture et identification de l'agent viral ou par mise en évidence d'un de ses composants ;
2. Diagnostic sérologique par épreuve de séroneutralisation (SN), par épreuve d'inhibition de l'hémagglutination (IHA) ou par épreuve immunoenzymatique (ELISA) sur sérum individuel ;
3. Toute autre méthode autorisée par le ministre chargé de l'agriculture.
Les épreuves de diagnostic des encéphalites virales des équidés ne peuvent être effectuées que par les laboratoires agréés à cet effet par le ministre chargé de l'agriculture et selon des modalités techniques fixées par le laboratoire national de référence en la matière.
Le laboratoire national de référence pour l'encéphalite virale West-Nile des équidés est le laboratoire de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments de Maisons-Alfort. Le laboratoire national de référence pour les autres encéphalites virales des équidés est le centre national de référence des arbovirus de l'Institut Pasteur de Lyon.
La liste des laboratoires agréés est établie par le ministre chargé de l'agriculture.