Le contrôle financier auquel est soumis le musée de l'air et de l'espace est exercé par un contrôleur désigné par le ministre chargé du budget et placé sous son autorité.
Le contrôleur financier exerce une mission d'identification et de prévention des risques budgétaires et financiers auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté.