Le plan de contrôle, établi par l'agent comptable sur la base d'une analyse de risque et adapté aux caractéristiques de chaque type d'aide, fixe les modalités précises des contrôles du comptable public et les critères de sélection des dépenses qui seront contrôlées.
Le plan de contrôle peut prévoir un système global applicable à l'ensemble des aides payées par l'office ou décliné pour chaque catégorie de dépense d'intervention.
Les critères de sélection doivent notamment prendre en compte :
- le montant par dossier ;
- le risque lié à l'historique du créancier ;
- les contrôles préalablement exercés, dans la chaîne d'instruction des dossiers, par les directions départementales de l'agriculture et de la forêt, les services ordonnateurs ou les corps de contrôle externe ;
- le niveau de complexité juridique, technique ou financière de l'opération ;
- le caractère récurrent ou non de la dépense ;
- un système de sélection aléatoire ;
- et tout autre critère que l'agent comptable estimera de nature à garantir la représentativité de l'échantillon.
L'analyse de risque doit également tenir compte des procédés informatiques mis en place au sein des établissements, éventuellement de l'intervention des services de l'agence comptable en amont de la chaîne informatique et de la fiabilité de cette dernière.