Le conseil scientifique propose au conseil d'administration les orientations de la recherche après concertation avec les établissements d'enseignement supérieur de rattachement, selon les modalités prévues dans les conventions de rattachement. Il propose la répartition des crédits de recherche. Il est consulté sur les conventions touchant la recherche et sur les demandes d'habilitation concernant le troisième cycle. Il émet un avis sur la structuration du centre en départements et services.