La présidence du comité de gestion est assurée par le préfet ou, en cas d'empêchement, par son représentant.
Le comité de gestion se réunit au moins deux fois par an. Le président convoque les réunions du comité et en fixe l'ordre du jour. Il peut inviter pour être entendue par le comité toute personne dont il estime l'avis utile.
Le comité de gestion délibère valablement lorsque la moitié au moins de ses membres sont présents.
Les décisions du comité de gestion sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante. Ces décisions sont rendues exécutoires par arrêté du préfet publié au recueil des actes de la préfecture de Mayotte. Elles sont notifiées par le préfet aux maires des communes concernées.
Le secrétariat du comité de gestion est assuré par le service de l'Etat désigné par le préfet.